بيئة تفاعلية مفتوحة المصدر تدعم لغات برمجة متعددة (Python، R، Julia). تُستخدم في تحليل البيانات، النمذجة العلمية، وتوثيق التجارب.
دفتر مختبر إلكتروني مفتوح المصدر لتوثيق الملاحظات والتجارب العلمية، يُستخدم في المختبرات البحثية والأكاديمية.
أداة مفتوحة المصدر لتحويل ومعالجة صيغ الملفات الكيميائية. تدعم أكثر من 110 صيغة ملف وتُستخدم كبنية تحتية لتطبيقات الكيمياء المعلوماتية
مكتبة كيمياء معلوماتية مكتوبة بلغة Java، تدعم معالجة الجزيئات والتنبؤ بالخصائص الكيميائية.
مكتبة مفتوحة المصدر مكتوبة بلغة Java، مخصصة للكيمياء المعلوماتية. توفر أدوات للتعامل مع الجزيئات، الكيمياء الحسابية، وتحليل البُنى الكيميائية.
برنامج بيولوجيا حاسوبية متكامل ومفتوح المصدر، يوفّر أدوات لتحليل تسلسل الحمض النووي، المحاذاة، والمحاكاة الجزيئية.
مشروع مفتوح المصدر يعتمد على لغة R، يوفّر أدوات للتحليل الإحصائي ومعالجة البيانات الجينومية والبروتيومية. يُستخدم بكثرة في أبحاث علم الأحياء الحاسوبي.
